農薬は農作物への病害虫被害を防いだり、除草の目的などに使用されます。
ここでは、法律で定められた適切な農薬使用がなされているか、食品中に残留する農薬が基準を守っているのか検査して調べます。主に検査しているものは、フードプランやコープス商品の農作物、米（全銘柄）、輸入農作物、コープこうべ食品工場の原材料、加工度の低いコープ商品などです。

加工食品に関しては、2008年度より有機リン系85農薬の検査を実施しています。